Năm 1960 trường do linh mục Phan Ngọc Toản sáng lập và được cất lại từ năm 1967 với tên gọi“Trường trung tiểu học Nhân Vị”. Sau ngày giải phóng miền Nam hòa nhịp với phong trào chuyển nhượng cống hiến các cơ sở giáo dục tư thục cho nhà nước Ủy ban nhân dân và Phòng giáo dục quận Phú Nhuận đã tiếp quản ngôi trường này từ Hội dòng tu Nazareth đặt tên lại là trường Phổ thông cấp 1, 2 Đông Nhì B.

Tháng 6 năm 1976 thực hiện chỉ thị của thành phố, Ủy ban nhân dân quận Phú Nhuận và Phòng giáo dục đổi tên là “Trường PTC 1, 2 Độc Lập” tên “Độc Lập” là để thể hiện nổi trông chờ khắc khoải và nỗi vui mừng khôn xiết khi nước nhà thống nhất sau bao nhiêu năm chiến tranh.

Đầu năm học 1990 – 1991 thực hiện chỉ đạo của Sở Giáo dục và quyết định của Ủy Ban Nhân dân Thành phố về việc tách trường cấp 1, 2 nên Phòng GD-ĐT Quận Phú Nhuận đã điều học sinh cấp 1 qua trường Cổ Loa và Cao Bá Quát cùng giáo viên cấp 1 sang trường Cổ Loa, đồng thời tiếp nhận giáo viên cấp 2 ở hai trường Sông Lô và Cao Bá Quát về trường Độc Lập, kể từ đó “Trường phổ thông cấp 1, 2 Độc Lập” chuyển thành “Trường phổ thông cấp 2 Độc Lập” và hiện nay là“Trường THCS Độc Lập”.